產(chǎn)品時間:2022-04-28
NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估旨在用于驗證、優(yōu)化和過程評估目的。它由猶他州/歐洲血統(tǒng)的女性全.人類基因組樣本組成,可用于評估基因組測序中變異調(diào)用的性能。
本公司專業(yè)代理NIST國際標(biāo)準(zhǔn)品,詢價訂購: 。
參考資料 8398
用于全基因組變異評估的人類 DNA
(猶他州之女/歐洲血統(tǒng))
(HG-001)
此參考材料 (RM) 旨在用于驗證、優(yōu)化和過程評估目的。它由猶他州/歐洲血統(tǒng)的女性全.人類基因組樣本組成,可用于評估基因組測序中變異調(diào)用的性能。一個 RM 8398 單元由一個裝有人類基因組 DNA 的小瓶組成,該基因組 DNA 是從單個大生長的人類淋巴母細胞系 GM12878(標(biāo)記為 HG-001)中提取的。
科里爾醫(yī)學(xué)研究所(新澤西州卡姆登)。該小瓶含有大約 10 µg 基因組 DNA,DNA 位于 TE 緩沖液(10 mM TRIS,1 mM EDTA,pH 8.0)中。
該材料旨在通過獲得真陽性、假陽性和假陰性的估計值來評估人類基因組測序變異檢出的性能。測序應(yīng)用可能包括全基因組測序、全外顯子組測序和更有針對性的測序,例如基因組。這種基因組 DNA 的分析方式與實驗室處理和分析提取的 DNA 的任何其他樣本相同。由于 RM 是提取的 DNA,因此它對于評估 DNA 提取等分析前步驟沒有用處,但它確實挑戰(zhàn)了測序文庫的制備、測序機器以及作圖、比對和變異調(diào)用的生物信息學(xué)步驟。此 RM 并非旨在評估后續(xù)的生物信息學(xué)步驟,例如功能或臨床解釋。
NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估
信息值:
為單核苷酸變異 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及純合參考基因型提供信息值。 v3.3.2 基準(zhǔn)測試集涵蓋了大約 91% 的 GRCh37 組件和 85% 的 GRCh38 組件(不包括組件中的間隙),使用方法參考 1 中描述的信息值。信息值被認為是 RM 用戶感興趣和使用的值,但沒有足夠的信息來評估與該值相關(guān)的不確定性。我們使用當(dāng)前可用的數(shù)據(jù)和方法描述和傳播我們對基因型的最佳、最自信的估計。隨著新數(shù)據(jù)的積累以及測量和信息學(xué)方法的出現(xiàn),這些數(shù)據(jù)和基因組特征將隨著時間的推移而得到維護。 HG-001 的數(shù)據(jù)可在國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案的 BioSample SAMN03492678 下找到。信息值以變體調(diào)用文件 (vcf) 的形式給出,其中包含基準(zhǔn) SNV 和小插入缺失,以及一個制表符分隔的“床"文件,該文件描述了基準(zhǔn)區(qū)域,其中任何不在基準(zhǔn) vcf 中的其他變體都應(yīng)該是錯誤。信息值不能用于建立計量溯源性。
RM 8398來自人類淋巴母細胞系,用于研究用途。既然沒有達成共識
提取DNA的感染狀態(tài),處理RM 8398成分作為生物安全等級1的材料
根據(jù)疾病預(yù)防控制中心(CDC)辦公室的建議,傳播傳染病
安全,健康,環(huán)境和國家衛(wèi)生研究院(NIH)[2]。
儲存和使用說明
儲存:RM 8398在NIST儲存在-20°C,但將與冷凍包一起運輸,可能不會冷凍到達。
NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估收到后應(yīng)在-20°C的黑暗處長期保存,或在4°C的黑暗處短期保存
儲存(如果即將使用)。
使用:建議在將vcf與基準(zhǔn)vcf進行比較后,只使用基準(zhǔn)中的變量
區(qū)域被認為是真陽性、假陽性和假陰性。另外,要了解原因
假陽性和假陰性,包括基準(zhǔn)集中潛在的錯誤,強烈建議使用
在假定的假陽性和假陰性的子集周圍,用戶使用
基因組瀏覽器。為性能指標(biāo)和工具開發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化定義,以比較不同的調(diào)用
全球基因組學(xué)和健康團隊聯(lián)盟發(fā)布了最佳實踐
對于人類基因組中生殖系小變異呼叫的基準(zhǔn),我們強烈建議遵循[3]。
隨著測序技術(shù)和分析方法的改進,這些基準(zhǔn)呼叫和區(qū)域?qū)⒏?/span>
本調(diào)查報告將定期更新至
反映重要的新發(fā)布。當(dāng)前版本包含相對于GRCh37的小變體基準(zhǔn)集
和來自基因組參考聯(lián)盟的GRCh38參考組件。來自各種技術(shù)的數(shù)據(jù)集
對于這個基因組的描述見文獻4。
源制備(1)
科里韋爾醫(yī)學(xué)研究所(Camden, NJ)在多個階段對其細胞系GM12878進行了大量生長,
提取大約83毫克的DNA,然后混合DNA,和DNA一起放入小瓶
大致相等地分成小瓶。具體來說,細胞池被分成三個單獨的DNA體積
提取后,將提取的DNA重新混合,在4℃下輕輕混合48 h以上,再取料
自動分配到10 μg DNA的小瓶中。
注:該RM是分離的DNA而不是活細胞,因為細胞不太穩(wěn)定,可以隨每個細胞發(fā)生突變
因此活細胞的序列可能不會隨著時間的推移而穩(wěn)定。從大量細胞中提取DNA
有助于確保所有小瓶含有基本相同的DNA序列。DNA現(xiàn)在可以從這個地方找到
但其DNA序列可能含有微小的差異
不同批次的細胞發(fā)生不同的突變。
穩(wěn)定性:通過脈沖場凝膠測量DNA的大小分布來評估穩(wěn)定性
電泳(但是脈沖場凝膠電泳的出現(xiàn))。使用PFGE,在4℃保存8個樣品后,未檢測到尺寸分布的變化
在37℃保存8周后,其大小分布明顯下降。此外,沒有變化
經(jīng)過5次凍融循環(huán)、大力移液或渦旋后檢測。然而,因為我們只測量尺寸
地址:東莞市萬江區(qū)大塘電商中心B區(qū)448 傳真: 技術(shù)支持:化工儀器網(wǎng) 管理登陸 備案號:粵ICP備18148388號 GoogleSitemap
東莞市景源實驗科技有限公司 版權(quán)所有 © 2018.