細(xì)胞系在生物科學(xué)中被廣泛使用,它們無限增殖的能力意味著,從理論上講,科學(xué)家們可以精確地復(fù)制以前的研究重現(xiàn)實(shí)驗(yàn)結(jié)果或者在此結(jié)果基礎(chǔ)上做更深入的研究。但是細(xì)胞系被貼錯(cuò)標(biāo)簽或處理不當(dāng)會導(dǎo)致有問題的細(xì)胞系的錯(cuò)誤識別,污染和/或傳播,進(jìn)而可能影響研究數(shù)據(jù)的有效性和準(zhǔn)確性。
科學(xué)研究中所用細(xì)胞系的真實(shí)性驗(yàn)證是基礎(chǔ)而且必要的。真實(shí)性驗(yàn)證能夠確保細(xì)胞沒有鑒定錯(cuò)誤、沒有交叉污染、遺傳上與起始保存樣品沒有差異。那在科學(xué)研究工作中應(yīng)該如何選擇所需要的細(xì)胞?如何獲取實(shí)驗(yàn)所需細(xì)胞?所選用的或得到的細(xì)胞可靠性如何?如何判斷?這些問題對于需要使用細(xì)胞進(jìn)行研究工作的科研人員是必須首先解決的問題。希望大家能在接下來的內(nèi)容中找到答案。
一、細(xì)胞來源
細(xì)胞系可以 1) 直接從各種正常組織直接取材,進(jìn)行原代培養(yǎng),2) 可以從其他實(shí)驗(yàn)室獲得,3) 也可以從細(xì)胞庫購買。無論采用何種來源,都必須確保對細(xì)胞進(jìn)行身份驗(yàn)證,并且沒有污染,例如支原體。那不同來源的細(xì)胞需要注意哪些問題呢?
1、直接取材,進(jìn)行原代培養(yǎng)獲得
從新鮮組織中衍生出一種新的細(xì)胞系,特別是人類細(xì)胞,是一項(xiàng)昂貴且費(fèi)時(shí)的工作。新細(xì)胞系的后續(xù)價(jià)值將取決于驗(yàn)證其來源的能力以及相關(guān)的可用信息。這些信息包括細(xì)胞來源組織,臨床資料,其他相關(guān)信息。
(1)細(xì)胞來源組織:首先需要獲得捐助者或患者的同意和/或道德審查許可。另外,要記錄組織來源,進(jìn)行組織病理學(xué)驗(yàn)證,與正常組織進(jìn)行比較。
(a)將用于原代培養(yǎng)的一小部分樣品(或血液樣品或來自供體的 DNA)立即冷凍或處理。然后可以使用組織或 DNA 明確證明該細(xì)胞系源自推定的供體。盡管基因型(核型,拷貝數(shù)變異(CNV)作圖分析,甚至全基因組序列)的其他信息有時(shí)會有助于確保身份,但建議采用短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)進(jìn)行身份驗(yàn)證。
(b)理想的情況是,用于組織病理學(xué)驗(yàn)證的組織最好由同一組織病理學(xué)家報(bào)告手術(shù)標(biāo)本。如果患者樣本由臨床醫(yī)生直接提供給實(shí)驗(yàn)室,則此步驟特別重要,因?yàn)樗赡軣o法代表發(fā)送給組織病理學(xué)家的手術(shù)樣本。例如,它可能距腫瘤一定距離并因此缺乏癌細(xì)胞,或者可能來自不受遺傳或表觀遺傳缺陷引起的特定病理學(xué)影響的區(qū)域。
(c)少量血液(例如 10 毫升)或正常組織應(yīng)冷凍。該組織以后可用于尋找遺傳差異,也可用于身份驗(yàn)證。對于 iPSC 品系,或當(dāng)使用直接重編程從一種衍生出另一種體細(xì)胞類型時(shí),冷凍保存所用原始細(xì)胞的儲備液也是一種好習(xí)慣。這些對于使用新的重編程技術(shù)衍生出其他細(xì)胞系可能很重要,而且對于提供原始供體材料以驗(yàn)證使用該細(xì)胞系的后來發(fā)現(xiàn)也可能很重要。如果使用體細(xì)胞核移植(SCNT)或「克隆」技術(shù)來衍生細(xì)胞系,例如 ES 細(xì)胞,則應(yīng)分別保留來自體細(xì)胞供體和卵母細(xì)胞供體的細(xì)胞或組織,以匹配核和線粒體 DNA。
(2)臨床資料:如果捐贈者或患者表示同意并經(jīng)過道德審查,則應(yīng)盡可能多地記錄和存儲以下盡可能多的信息。用于明確識別捐贈者的信息(包括姓名,醫(yī)院編號,地址和出生日期)應(yīng)以更高的安全性存儲,最好與其他數(shù)據(jù)分開存儲。在英國,需要 NHS 合同或名譽(yù)合同來獲得患者詳細(xì)信息,并且此類信息切勿與未經(jīng)授權(quán)的同事共享或發(fā)布到公共領(lǐng)域。
(a)供體/患者的年齡和性別
(b)醫(yī)院和病理編號
(c)組織標(biāo)本的起源部位和性質(zhì)
(d)癌癥或其他綜合癥或病理的階段和等級
(e)組織病理學(xué)報(bào)告的副本
(f)臨床病史包括治療
(g)其他信息,例如腫瘤標(biāo)記物狀態(tài),遺傳信息和家庭數(shù)據(jù)等
(h)捐助者的知情同意和放棄商業(yè)權(quán)利的證據(jù)
(3)其他相關(guān)信息:關(guān)于該細(xì)胞系的起源和派生保留的信息越多,該細(xì)胞系對始發(fā)者和任何后續(xù)用戶有用的可能性就越大。這些信息包括:所有培養(yǎng)基和添加劑的類型,來源和批號以及建立細(xì)胞系的方法;使用抗生素情況,支原體檢測情況;細(xì)胞系是否經(jīng)過基因修飾;對于 iPSC 或通過直接重編程衍生的細(xì)胞系,應(yīng)描述所用方法,包括所用基因和載體等等。
2、從其他實(shí)驗(yàn)室獲得
從其他實(shí)驗(yàn)獲得細(xì)胞這種途徑存在許多潛在的危害。細(xì)胞系可能根本不是他們聲稱的那樣,并且不能保證它仍然是同一細(xì)胞系或具有與已發(fā)布描述的相同屬性。如果接收實(shí)驗(yàn)室希望依靠通過細(xì)胞系獲得的歷史數(shù)據(jù),則在接受進(jìn)入的細(xì)胞系用于一般用途之前,應(yīng)進(jìn)行驗(yàn)證。
在收到細(xì)胞細(xì)后,同時(shí)在在凍存之前,應(yīng)使用已經(jīng)批準(zhǔn)的基于 DNA 的方法進(jìn)行細(xì)胞系鑒定,以確認(rèn)細(xì)胞系的起源并檢查錯(cuò)誤識別。對照國際細(xì)胞系認(rèn)證委員會(ICLAC)錯(cuò)誤識別的細(xì)胞系數(shù)據(jù)庫來檢查細(xì)胞系名稱。在將新的細(xì)胞系存入液氮時(shí)應(yīng)重新用 STR 對細(xì)胞身份進(jìn)行驗(yàn)證。人類細(xì)胞系可能攜帶病原體,包括病毒污染,對實(shí)驗(yàn)室工作人員構(gòu)成潛在的健康危害。它們還可能被細(xì)菌,真菌,支原體或病毒污染,并可能擴(kuò)散到其他細(xì)胞系。如果要將這些細(xì)胞用于動物,必須對它們進(jìn)行測試并證明不含相關(guān)病原體,這一點(diǎn)也很重要。否則這些病原體可能會對動物或者照顧動物的科研人員帶來危害。
新細(xì)胞系應(yīng)在實(shí)驗(yàn)室和儲存中進(jìn)行隔離,直到對它們的來源進(jìn)行鑒定,并證明它們不含微生物。最佳方法是擁有 II 級微生物安全柜(MSC)和專用于隔離區(qū)的培養(yǎng)箱。如果無法做到這一點(diǎn),則應(yīng)采取其他步驟以zui大程度地減少污染擴(kuò)散的風(fēng)險(xiǎn),其中包括(a)僅當(dāng)當(dāng)天所有其他細(xì)胞培養(yǎng)完成后才對新細(xì)胞系進(jìn)行處理,(b)在進(jìn)入普通培養(yǎng)箱之前,應(yīng)應(yīng)將新的培養(yǎng)物放置在專用培養(yǎng)箱中或密封容器中;(c)使用后,應(yīng)使用合適的非腐蝕性消毒劑清潔 MSC,并在關(guān)閉前再運(yùn)行至少 5 分鐘。
用戶還應(yīng)確認(rèn)他們獲得的細(xì)胞系適合于他們自己的特定目的。即使顯示出細(xì)胞系是真實(shí)的,它也可能會隨著傳代時(shí)間的延長而失去特定的關(guān)鍵特征。 核型分析是一種簡單的測試,可以揭示細(xì)胞系的變化。在開始工作之前確認(rèn)適當(dāng)?shù)奶匦钥梢怨?jié)省大量的時(shí)間和精力。
3、從細(xì)胞庫購買
學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)或商業(yè)機(jī)構(gòu)已經(jīng)建立了許多保藏中心或細(xì)胞庫。這些來源的細(xì)胞系已經(jīng)進(jìn)行了驗(yàn)證,并鑒定其在培養(yǎng)物中常見的污染微生物,因此除非隨附信息中另有說明,否則它們不太可能被污染或錯(cuò)誤識別。但是,其中一些細(xì)胞系是在實(shí)驗(yàn)室之間多次轉(zhuǎn)移后獲得的,因此,除非在分析證書中明確說明,否則不能保證真實(shí)性和不受微生物污染的影響。這些保藏中心或者細(xì)胞庫會對其細(xì)胞系進(jìn)行常規(guī)驗(yàn)證,并為細(xì)胞系提供分析證書,包括 STR 分型報(bào)告。
二、細(xì)胞儲存
一旦細(xì)胞系已經(jīng)開發(fā)或獲得并驗(yàn)證(即顯示為真實(shí)且未受污染),確??煽壳铱芍噩F(xiàn)的細(xì)胞供應(yīng)的第一步是冷凍保存約 20 個(gè) 1 ml 安瓿瓶,每個(gè)安瓿瓶中裝有 1~5*10^6 個(gè)細(xì)胞。這將為絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室提供多年的現(xiàn)成貨源。通常是在防腐劑(通常是含有 10%DMSO 的生長培養(yǎng)基)中緩慢(通常 1 ℃ min-1)冷凍樣品來保存細(xì)胞系。某些細(xì)胞類型,例如 hESC,可能需要超速冷凍或玻璃化,其中水被原位冷凍形成玻璃,并且不允許像慢速冷凍一樣從細(xì)胞中滲透出來,通常用于冷凍干細(xì)胞。每次冷凍一批細(xì)胞時(shí),建議立即復(fù)蘇一個(gè)小瓶以檢查其生存能力。從庫中取出的小瓶應(yīng)快速融化(通過浸入 37°C 的水浴中),并用預(yù)熱的培養(yǎng)基逐漸稀釋細(xì)胞懸液。必須將可能具有傳染性的材料存儲在氣相液氮中,以減少污染性生物轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)。安全起見,重要的物料(例如 MCB)可以分開儲存到一個(gè)以上的儲存容器中,最好在放置到不同的位置,做好使用的登記記錄。細(xì)胞的位置應(yīng)在電子表格或數(shù)據(jù)庫中詳細(xì)說明,并與細(xì)胞系的起源和特征以及已應(yīng)用的質(zhì)量控制措施的詳細(xì)信息進(jìn)行關(guān)聯(lián)。冷凍儲藏容器應(yīng)裝有警報(bào)器,并定期檢查儲存溫度。建議每周至少一次記錄儲存容器中液氮的水平。對定期維護(hù),監(jiān)視和庫存控制的證據(jù)進(jìn)行定期審核還將有助于確保存儲設(shè)施的安全性。
三、細(xì)胞錯(cuò)誤識別
錯(cuò)誤識別是由于交叉污染,控制不當(dāng)或文書錯(cuò)誤造成的,并暗示了良好的細(xì)胞培養(yǎng)方法(GCCP)的失?。?/strong>例如,將細(xì)胞意外轉(zhuǎn)移到培養(yǎng)基的儲液瓶中,該儲液瓶在 MSC 中同時(shí)具有兩個(gè)細(xì)胞系,貼錯(cuò)了燒瓶或安瓿的標(biāo)簽,或解凍了錯(cuò)誤的安瓿。交叉污染的其他來源是飼養(yǎng)細(xì)胞(例如,在 ES 細(xì)胞培養(yǎng)中經(jīng)常使用的)由于輻照或 siliemeisuC 處理不充分仍具有有絲分裂活性,或者是制備的條件培養(yǎng)基且未進(jìn)行充分過濾以除去細(xì)胞。每當(dāng)在實(shí)驗(yàn)室中維持快速生長的連續(xù)細(xì)胞系時(shí),就有可能交叉污染(即替換)其他生長較慢的細(xì)胞系的風(fēng)險(xiǎn)。我們可以從 ICLAC(ICLAC,2013a)獲得已知的錯(cuò)誤識別的細(xì)胞系列表。但是,即使某個(gè)細(xì)胞系不在該列表中,實(shí)驗(yàn)室也應(yīng)始終進(jìn)行測試以確保其自身的該細(xì)胞系庫存是真實(shí)的。因此,必須采取簡單的預(yù)防措施以zui大程度地減少細(xì)胞錯(cuò)誤識別的可能性,這些措施包括:
(1)所有培養(yǎng)容器以及存儲容器都必須小心且正確地貼上標(biāo)簽(包括細(xì)胞系的全名,傳代號和轉(zhuǎn)移日期);
(2)生物安全柜一次只能使用一個(gè)細(xì)胞系。 取出細(xì)胞后,應(yīng)在安全柜中用適當(dāng)?shù)囊后w消毒劑擦拭并運(yùn)行至少 5 分鐘,然后再引入另一個(gè)細(xì)胞系;
(3)瓶或等分試樣只能用于一個(gè)細(xì)胞系;
(4)氣溶膠的形成必須控制在最小程度;
(5)應(yīng)定期返還冷凍存量(除非必要,否則切勿細(xì)胞系連續(xù)培養(yǎng) 43 個(gè)月或 10 代)
四、細(xì)胞的真實(shí)性驗(yàn)證
不管原代培養(yǎng)還是引進(jìn),細(xì)胞使用時(shí)仍需進(jìn)行適當(dāng)鑒定。培養(yǎng)細(xì)胞的鑒定主要有 6 個(gè)方面的要求:
1 證實(shí)其來源的物種
通過細(xì)胞遺傳學(xué)進(jìn)行染色體檢測,進(jìn)行細(xì)胞同工酶種類的檢測,一方面確認(rèn)其起源物質(zhì),另一方面排除與其他種屬來源細(xì)胞的交叉污染。
2 與來源組織的關(guān)系
通過免疫細(xì)胞化學(xué)、RT-PCR、Western Blot 等方法,檢測細(xì)胞中特定分子的表達(dá),確定細(xì)胞所在組織中的細(xì)胞類型;確定細(xì)胞所處的分化發(fā)育過程中的位置(例如, 干細(xì)胞階段、前體細(xì)胞階段或分化階段)。
3 確定細(xì)胞系是否轉(zhuǎn)化
通過體內(nèi)移植,成瘤性觀察實(shí)驗(yàn),明確該細(xì)胞系是有限細(xì)胞系還是連續(xù)細(xì)胞系;細(xì)胞系是否表達(dá)惡性特征。
4 確定無細(xì)胞系交叉污染
通過細(xì)胞 DNA 分型(指紋、SSP、STR、SNP)分析,與細(xì)胞培養(yǎng)初代和同一來源組織、血液細(xì)胞 DNA 型進(jìn)行比較,確認(rèn)細(xì)胞系無交叉污染。也可通過同工酶檢測及細(xì)胞遺傳學(xué)檢測。
5 是否有跡象表明細(xì)胞系有遺傳不穩(wěn)定的傾向性,易于轉(zhuǎn)化和表型的多樣性
通過染色體分析或 FISH 等檢測進(jìn)行觀察和證明。
6 特定細(xì)胞系需要特征的證明
一組起源相同的細(xì)胞中的特定細(xì)胞系,挑選出的細(xì)胞株或雜交細(xì)胞系,需要提供該細(xì)胞系或細(xì)胞株特征的證明,如分子標(biāo)記特征。
具體到每株細(xì)胞系,并不是所有的指標(biāo)都進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。STR 分型分析是鑒定細(xì)胞系的標(biāo)準(zhǔn)方法。美國標(biāo)準(zhǔn)(ASN-0002 2011)提供了有關(guān)如何使用 STR 分析進(jìn)行人類細(xì)胞系認(rèn)證的信息。應(yīng)遵循該標(biāo)準(zhǔn)的建議,包括使用至少八個(gè)核心 STR 基因座和應(yīng)用匹配標(biāo)準(zhǔn)(匹配閾值 80%),以允許某些細(xì)胞系中發(fā)生少量遺傳漂移。
五、支原體污染
1950 年代shou次注意到細(xì)胞培養(yǎng)物被支原體污染,但令人遺憾的是仍然經(jīng)常忽略它的存在。我們要清楚的知道如下幾點(diǎn),對于我們在平常實(shí)驗(yàn)中重視支原體污染問題非常重要。
(1)在世界范圍內(nèi),支原體污染非常頻繁。
(2)使用有支原體污染的細(xì)胞會導(dǎo)致錯(cuò)誤,誤導(dǎo)或錯(cuò)誤的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
(3)由于缺乏明顯的體征,支原體陽性細(xì)胞培養(yǎng)可能不被注意。
(4)注意支原體污染的潛在來源
(5)使用良好的無菌技術(shù)和實(shí)驗(yàn)室操作規(guī)程,避免支原體污染。
(6)對所有未經(jīng)測試的細(xì)胞系采取有效的隔離程序。
(7)建立定期和連續(xù)的支原體檢測程序。
(8)科學(xué)期刊開始接受支原體檢測的證據(jù),然后再接受論文發(fā)表。
支原體污染對宿主真核細(xì)胞的影響程度變化很大,但已顯示出它可以改變許多宿主細(xì)胞的功能,包括生長,形態(tài),代謝,基因組和抗原性。因此,在實(shí)驗(yàn)中使用被支原體污染的培養(yǎng)物將引來對所產(chǎn)生的任何研究數(shù)據(jù)的有效性和重要性的明顯質(zhì)疑,并可能導(dǎo)致發(fā)表錯(cuò)誤的實(shí)驗(yàn)結(jié)果?,F(xiàn)在越來越多的期刊在接受論文發(fā)表前要求提供證據(jù)證明研究中已使用細(xì)胞培養(yǎng)物不存在支原體的污染。
六、總結(jié)
1、啟動新的細(xì)胞系時(shí),請記錄與組織起源有關(guān)的所有數(shù)據(jù),并保留組織用于 DNA 分析。
2、確保新細(xì)胞系的名稱是唯yi的。
3、獲得的細(xì)胞系應(yīng)來自可靠的來源,并且必須經(jīng)過身份驗(yàn)證以避免錯(cuò)誤識別。
4、應(yīng)當(dāng)將經(jīng)過身份驗(yàn)證的細(xì)胞保存起來,以備將來使用,并定期從冷凍庫中更換培養(yǎng)物。
5、獲取細(xì)胞系組織有道德和法律上的要求。使用人體組織樣品通常需要患者同意,并且必須定義所有權(quán)。
6、將人體組織樣本作為可能具有傳染性的材料處理。
7、在開始實(shí)驗(yàn)之前,為所有類型的實(shí)驗(yàn)室廢物建立正確的處置途徑,確保工作人員接受適當(dāng)?shù)呐嘤?xùn)。
8、從信譽(yù)良好的來源購買培養(yǎng)基和試劑(尤其是血清)。
9、記錄實(shí)驗(yàn)所用的所有試劑和介質(zhì)的批號。
10、建立「標(biāo)準(zhǔn)操作程序」(SOP)。良好的細(xì)胞操作規(guī)范可以很大程度上避免其他污染。
11、確保實(shí)驗(yàn)室設(shè)備的所有物品(柜,培養(yǎng)箱,高壓滅菌器,水過濾裝置等)均得到適當(dāng)維修,并在規(guī)定的范圍內(nèi)工作。
12、錯(cuò)誤識別仍然是一個(gè)主要問題,因此所有細(xì)胞系均應(yīng)從可靠來源獲得并證明是真實(shí)的。
13、支原體的污染仍然很普遍,需要良好的組織培養(yǎng)實(shí)踐和頻繁的測試以確保細(xì)胞系清除污染。
迄今為止,只有少數(shù)的研究實(shí)驗(yàn)室和科學(xué)期刊采取措施來改變繼續(xù)使用錯(cuò)誤標(biāo)識的細(xì)胞系的可怕局面,承擔(dān)著發(fā)布高質(zhì)量受控?cái)?shù)據(jù)的責(zé)任。毋庸置疑,期刊和科學(xué)協(xié)會的企業(yè)將極大地促進(jìn)此類質(zhì)量控制措施并加速其廣泛接受。讓我們大家共同努力,從你我做起,保證所發(fā)表的文章數(shù)據(jù)真實(shí)可信,可被重復(fù)。
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